起因

起初，由于一些数据读取的需求，查到需要安装R/Cardinal包，于是普普通通地按照官方说明输入:

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BiocManager::install("Cardinal")

然而，万万没想到，这成为了我漫长踩坑路的开始。

踩坑的开始

首先，出现了这样的报错：

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BiocManager::install("Cardinal")
Error: Bioconductor version cannot be validated: no internet connection? See
  #troubleshooting section in vignette
In addition: Warning messages:
1:In file(con,"r") :
  URL 'https://bioconductor.org/config.yaml' : status was 'SSL peer certificate or SSH remote key was not OK!
2:In file(con,"r") :
  URL 'https://bioconductor.org/config.yaml' : status was 'SSL peer certificate or SSH remote key was not OK! 

或许是这集群不支持用https？那就改镜像网址！于是尝试修改Bioc_Mirror：

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options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")

然而，安装时的报错一点都没变！然后又开始查大佬们的解决方式，看到这位大佬的帖子，建议在.Rprofile中增加：

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options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')

；这位大佬的帖子，建议修改：

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options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE)

；以及这位大佬的帖子，直接建议修改DNS。
然而，这些办法或许对大多数用户都是有效方法，但到我这里，使用前两种办法时，
Error: Bioconductor version cannot be validated: no internet connection?
仍然挥之不去；而我一个卑微的普通用户又不能修改DNS。为之奈何？要不直接联系运维人员帮忙解决罢！于是收到回复：“您好 您手动指一下ca证书试下呢~”

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export REQUESTS_CA_BUNDLE=xxx/cacert.pem

我非常希望自己在输入这条命令后可以高兴地说出“原来是用这种方法解决的吗?,太厉害了！”，但熟悉的Error又出现了：

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BiocManager::install("Cardinal")
Error: Bioconductor version cannot be validated: no internet connection? See
  #troubleshooting section in vignette
In addition: Warning messages:
1:In file(con,"r") :
  URL 'https://bioconductor.org/config.yaml' : status was 'SSL peer certificate or SSH remote key was not OK!
2:In file(con,"r") :
  URL 'https://bioconductor.org/config.yaml' : status was 'SSL peer certificate or SSH remote key was not OK! 

没完没了了了是吧？要不我直接弃疗？让运维帮我安装算了…

第一次脱坑与差点踏入第二坑

晚饭后，我忽然意识到，自己貌似陷入误区了。既然前面提到了’ https://bioconductor.org/config.yaml ‘，我为什么不把读取这个网址的过程绕过去？于是尝试在BiocManager包里面寻找这个地址的踪迹。终于（一分钟后），我在’path/to/library/BiocManager/doc/BiocManager.R’中发现了以下内容：

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## ---- eval = FALSE------------------------------------------------------------
#  options(
#      BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "file:///path/to/config.yaml"
#  )

然后再后知后觉地查看BiocManager的安装说明，上面清清楚楚地提到：
BiocManager also expects to reference an online configuration yaml file for Bioconductor version validation at https://bioconductor.org/config.yaml. With offline use, users are expected to either host this file locally or provide their config.yaml version. The package allows either an environment variable or R-specific option to locate this file, e.g.,

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options(
    BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "file:///path/to/config.yaml"
)

所以这其实只是个直接” wget https://bioconductor.org/config.yaml “再用options()改下BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE路径就能轻松解决的小问题。鬼知道我为什么被这种小事情卡了几个小时
我真傻，真的

既然BiocManager的问题解决了，那就可以愉快地装包了吧！你别说，你还真别说……只需要一点点技术性调整：也就再装个libjpeg-devel、libtiff-devel和fftw3就行。虽然没有root权限，且不想再次联系运维，以及不愿意重复漫长的编译过程，但觉得能直接用yumdownloader和rpm2cpio下载并解压，再修改下环境变量的PATH和库就能解决吧（大概）。不过实际使用表明，直接将.rpm解压后并不能直接调用。乱试一通的结果表明，还要在修改一下环境变量的PKG_CONFIG_PATH：

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export PKG_CONFIG_PATH=path/to/new/usr/lib64/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

然后我顺手又把

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prefix=/usr
exec_prefix=/usr
libdir=/usr/lib64
includedir=/usr/include

中的’/usr’替换为了’/path/to/new/usr’（参考rpm解压后生成的目录）。
至此，R/Cardinal包安装终于顺利完成。

感觉

不如翻翻官方文档。

一点补充问题

虽然R/Cardinal包安装顺利完成，但当我尝试在服务器上用其读取空间代谢组数据时，出现了报错信息，但PC上一切正常。报错如下：

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Error in if (representation == "centroid spectrum") [ :
  argument is of length zero

经比较本地安装的R、BiocManager和Cardinal版本，意识到可能是我在服务器上装的R-4.3.1版本太新了，故在集群上重新编译安装R-4.2.3，再使用BiocManager安装Cardinal包。结果是积极的：终于可以正常读取.imzML格式的文件了。不负责任地猜想：或许是新版Cardinal在readImzML.R中尝试为representation赋值NULL的结果？

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# spectrum representation
if ( "MS:1000127" %in% names(fileContent)) {
	representation <- "centroid spectrum"
} else if ( "MS:1000128" %in% names(fileContent)) {
	representation <- "profile spectrum"
} else {
	representation <- NULL
}

很惭愧，做了一点微小的工作（O-O）。

大概也就是看到合成大西瓜蔚然成风（笑）后，参考网上已有的教程，替换了一下合成大西瓜里的图片,并上传到Github Pages。

替换时使用的图片也仅仅是简单地把Surge Concerto官网上的图片拖下来，简单地用paint.net进行一点点处理后直接替换掉游戏中的原文件（害，都怪我不会用Photoshop）。

最终凑出来的合成怪如下所示：

https://raciela.top/synraciela/

欢迎各位dalao莅临参观。

Hello World

在Hexo框架下，借用一下Github Pages，姑且生成了一个大概长这样的网页。

如您所见，本页面的作用仅仅是测试一下效果。

然而我并不知道该写些什么内容，所以变成了现在这个样子。

对您因阅读本文而浪费的数秒宝贵时间，我深表歉意(并不